Ce qu'il faut rechercher dans une plateforme de gestion des échantillons

Dans les laboratoires de R&D en biologie et en chimie, la notion de "gestion des échantillons" peut revêtir des significations très différentes.

Un "échantillon" peut être une souris vivante au sein d'une grande colonie. 

Ou une lignée cellulaire dans un cryotube qui en est à son 20e passage. 

Ou un produit chimique nouvellement synthétisé. 

Ou un plasmide récemment construit.

Le terme "gestion" est tout aussi ambigu : il peut désigner le type de spécimen biologique ou de produit chimique d'un échantillon, l'endroit où il est stocké, la personne qui l'a utilisé en dernier et le moment où il a été stocké, ou encore la quantité stockée. Pour gérer toutes ces informations sur l'échantillon ainsi que l'échantillon lui-même, les laboratoires doivent planifier soigneusement et prêter attention à ces détails.

Heureusement, il existe des solutions logicielles. Traditionnellement, les scientifiques utilisaient des systèmes de gestion des stocks de laboratoire (LIMS) pour une gestion efficace et efficiente des échantillons, mais plus récemment, ils se sont appuyés sur des plateformes de logiciels de gestion numérique des échantillons (DSM). 

Il existe quelques différences subtiles entre un LIMS, une plateforme DSM et bien d'autres, mais quel que soit le nom qu'on lui donne (nous utiliserons LIMS dans le blog suivant), il existe des fonctions clés de gestion des échantillons dont tous les laboratoires ont besoin pour réussir. 

Dans ce blog, j'ai mis en évidence 5 caractéristiques essentielles pour toute plateforme de gestion des échantillons numériques.

Traçabilité des échantillons

Le suivi des échantillons est essentiel pour localiser l'emplacement exact d'un échantillon dans le laboratoire et savoir où il est stocké. Cela est particulièrement important lorsque plusieurs chercheurs et techniciens utilisent régulièrement les mêmes échantillons.

Piste d'audit

Une piste d'audit fournit un enregistrement chronologique de toutes les activités de collecte, de manipulation, de stockage, d'analyse et d'élimination des échantillons. Il s'agit d'un compte rendu historique du qui, du quoi, du quand (jusqu'à la date et l'heure), du où, du pourquoi et du comment d'un échantillon.

Les pistes d'audit sont essentielles pour garantir l'intégrité et la traçabilité d'un échantillon. Elles permettent d'identifier tout écart par rapport aux procédures opérationnelles standard ou toute erreur potentielle dans la manipulation de l'échantillon et fournissent un enregistrement de toute modification apportée à l'échantillon ou aux données qui lui sont associées.

Exemples de mises à jour

Tout comme nous mettons à jour notre statut sur les médias sociaux, les échantillons reçoivent des mises à jour de statut. Un exemple serait lorsque vous faites quelque chose à l'échantillon (par exemple, vérifier la contamination et maintenant mettre à jour l'échantillon à "contamination : pass"). Comme il s'agit d'une activité très fréquente, tout LIMS doit offrir des fonctions rapides et faciles à mettre en œuvre. 

Capacités spécifiques à la biologie ou à la chimie

Il existe des LIMS qui sont des plateformes de gestion de données simples ou basées sur des listes. Mais que se passe-t-il si vous devez stocker des données spécialisées, telles que les chaînes de notation chimique SMILES (simplified molecular-input line-entry system), ou les intégrer à d'autres plateformes numériques, comme le rendu d'un plasmide à partir de GenBank ?

De nombreux laboratoires commettent l'erreur d'acheter 4 ou 5 plates-formes logicielles pour répondre à ces besoins, sans se rendre compte qu'il existe des solutions complètes qui combinent une variété de tâches nécessaires à la gestion des échantillons. 

Consultez notre article, "Le laboratoire numérique : à la recherche d'opérations plus légères et plus vertes" in Nature qui en dit plus à ce sujet. 

Lignée d'échantillons

Que vous suiviez les dérivés chimiques ou la relation parent-enfant de vos échantillons biologiques, assurez-vous que votre système peut suivre les lignées d'échantillons et les relations entre les échantillons de votre collection. Cette fonction est particulièrement importante si vous êtes impliqué dans les activités suivantes biobanque. De telles fonctionnalités peuvent parfois être négligées ou considérées comme faisant partie intégrante du LIMS. 

Trouver la meilleure façon de gérer vos échantillons

Les meilleures plates-formes logicielles intègrent toutes les fonctionnalités dans le système. Si une plateforme logicielle n'est pas capable de combiner ces fonctionnalités dans une interface conviviale et personnalisable, ou si elle vous crée plus de travail, elle n'est peut-être pas la solution la plus efficace pour la gestion de vos échantillons.

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